「疑わしきは罰せよ」といわれるとおり、ボートレースは賭け事であるがゆえにしっかりとした決まりの中で運営がされ多くの決まりがある。
そしてその決まりを破ると選手にとって非常に重たいペナルティが科されることとなっている。
違反行為の一例
待機行動違反
スタート前の選手に悪質な激突をする、スタート前にエンジンを止めて待機をしたりすると違反として扱われる（ボートレースはスタート前でも常にエンジンを止めないで待機をすることが義務付けられている）
追い抜き違反
レース中に転覆をした選手がいた場合はその周辺では選手を抜いてはならない。ボートレースの転覆を主にターンマークが多いのでターンマークで転覆している艇がいるにも関わらず前の選手を抜いてしまうと不良航法として扱われる。
これ以外にも様々な罰則が設けられているが、その多くが即日帰郷（即刻帰郷
出）出場停止など重たい罰を受けるケースもある。
また、プライベートでの違反行為にも非常に厳しく、交通事故、飲酒運転などはもちろんのこと家庭内のトラブルが警察沙汰になったりしても長期間の出場停止となるケースもある。
